Tutte le operazioni che accompagnano l'estrazione del miele, dal prelievo dei melari allo stoccaggio, devono rispettare ovviamente le norme igieniche necessarie ad evitare ogni possibile contaminazione:

• proteggere i melari dalla sporcizia durante il prelievo e il trasporto (non lasciarli esposti ad insetti o alla polvere della strada);
• curare l'igiene dei locali di lavorazione e dei contenitori per la decantazione e lo stoccaggio;
• rimuovere con cura le impurità dal miele mediante corretto uso di decantazione e filtrazione.
• Tali garanzie sono oggi assicurate dall'effettuazione dell'autocontrollo, ispirato alla metodologia HACCP.

Va anche ricordato che il miele assorbe con estrema facilità gli odori e questi, così come la presenza di impurezze, sono immediatamente rilevabili ad un semplice esame organolettico. Può quindi verificarsi che un miele perfettamente rispondente ai migliori standard di qualità sotto il profilo analitico, subisca un grave deprezzamento al momento della commercializzazione proprio per la presenza di impurezze o di qualche odore estraneo.